各有区别，看看下面就知道了， NTFS 和 FAT32 都是目前比较流行的磁盘分区格式，由FAT到FAT16----FAT32---NTFS，NTFS功能强一些娱乐圈动态追踪。
1. NTFS 支持文件加密和分别管理功能（也就是著名的EFS加密格式），可为用户提供更高层次的安全保证。
2. NTFS 具有更好的磁盘压缩性能，可进一步满足小硬盘用户的需要（读取会慢一些）。
3. NTFS 最大支持高达 2TB （1TB＝1024GB)的大硬盘，而且它的性能不会随着磁盘容量的增大而降低。
由此可见，NTFS 格式具有许多独特的优点
不过，呵呵，它也有一个缺点，那就是该磁盘文件格式不能被除它自己之外的其他操作系统所识别（NT 4.0也不例外），这就对数据交流造成了一定的影响，也就不支持DOS操作系统了，不过还是值得支持。

所以呀....只使用 Windows 2000 的用户应首选使用 NTFS 格式，要是同时使用 Windows 2000 和其他操作系统，则应谨慎从事。最好将磁盘划分为多个不同的磁盘分区，将 Windows 2000 安装到其中的一个磁盘分区并选择使用 NTFS 格式；将其他操作系统安装到另外的磁盘分区中并使用 FAT 或 FAT32 格式。

NTFS文件系统（下有详解）
NTFS文件系统是一个基于安全性的文件系统，是Windows NT所采用的独特的文件系统结构，它是建立在保护文件和目录数据基础上，同时照顾节省存储资源、减少磁盘占用量的一种先进的文件系统。使用非常广泛的Windows NT 4.0采用的就是NTFS 4.0文件系统（下面讲的是5.0，不好意思，哈哈），相信它所带来的强大的系统安全性一定给广大用户留下了深刻的印象。Win 2000采用了更新版本的NTFS文件系统NTFS 5.0，它的推出使得用户不但可以像Win 9X那样方便快捷地操作和管理计算机，同时也可享受到NTFS所带来的系统安全性。